Вымершие черепахи в Казахстане известны с поздней юры и до плейстоцена. К настоящему времени известно около 40 видов мезозойских и кайнозойских черепах, входящих в 11 семейств с 20 родами отряда Cryptodira. В современной фауне черепах Казахстана сохранилось 2 вида: Testudo horsfieldi и Emys orbicularis.
Подотр. Chelonoplastra, сем. Talassemydoidae, Yaxartemys longicauda (поздняя юра); надсем. Chelonioidea, сем, Chelonidae, Chelonia aralis (поздний олигоцен).
Подотр. Cruciplastra, надсем. Chelydroidea, сем. Chelydridae, Chelydropsis minax (ранний олигоцен), Ch. poena (средний-поздний миоцен).
Подотр. Trionychia, надсем. Trionychoidea, сем. Plastomeniodae, Plastomenus mlynarskii (средний эоцен), P. minusculus (ранний олигоцен); сем. Trionychidae, Trionyx ninae (средний олигоцен), T. turgaicus (средний олигоцен), Т. zaisanemis (ранний олигоцен), Т. zakhidovi (поздний мел).
Подотр. Planiplastra, надсем., Plesiochemyoidea. ceм. Adocidae, Adocus orientalis (средний эоцен); Shachemys baibolatica (поздний мел, сенон). Надсем. Platysternoidea, сем. Platysternidae, Planiplastron tatarinovi (средний олигоцен). Надсем.. Testudinoidea, сем. Bataguridae, Grayemys amoenus (средний эоцен); Ocadia turgaica (средний олигоцен). Сем.. Emydidae, Chrysemys index (ранний олигоцен), Ch. lavrovi (средний олигоцен), Ch. polydectes (поздний олигоцен); Zaisanemys borisovi (ранний олигоцен), Z. jegalloi (олигоцен—миоцен). Сем.. Geoemydidae, подсем.. Geoemydinae, Echmaternys orlovi (поздний эоцен), E. chingaliensis (средний эоцен), E. zaisanensis (поздний эоцен); Clemmys kazachstanica (поздний олигоцен); Mauremys iliensis (средний олигоцен); Melanochelys longilabiata (ранний олигоцен), М. fontinalis (поздний олигоцен). Сем. Testudinidae, Hadrianus obailiensis (средний эоцен); Ergilemys insolitus saikanensis (ранний олигоцен), E. paraskivi (ранний миоцен), E. irgizica (ранний плиоцен), E. celkarica (поздний олигоцен); Protestudo alba (олигоцен—миоцен), P, darevskii (ранний-средний миоцен), P. illiberalis (плиоцен), P. karabastusica (ранний плиоцен), P. kegenica (средний-поздний миоцен), P. tekessa (средний миоцен); P. turgaica (ранний миоцен); Testudo aralensis (поздний олигоцен), T. turmae (средний миоцен).
