Особенности окраски панциря Emys orbicularis изучались в 4 изолированных популяциях взрослых самцов и самок из Калмыкии, северного и южного Дагестана и Азербайджана. Изучались также и молодые. В пределах всего ареала карапакс болотной черепахи имеет зеленовато-бурую или зеленовато-серую общую окраску со светлыми желтоватыми точками или штрихами по темному фону. Пластрон характеризуется большей вариабельностью типов окраски (обычно не согласованной с изменчивостью пигментации карапакса): от полностью лишенных пигмента светло-желтых щитов до равномерно более или менее густо пигментированных темных.
На карапаксе взрослых особей различимы 3 главных типа пигментации: 1) на темном фоне радиальное („веерное") расположение (соответственно векторам роста щитков) рядов светлых штрихов, 2) на темном фоне аналогичное ориентирование рядов светлых точек, 3) на темном фоне более или менее беспорядочное расположение точек. Между 1-м и 2-м типами обычны переходы. В целом окраска карапакса подвержена возрастным изменениям (3-й тип соответствует более старым особям). На пластроне взрослых черепах выделяются 3 типа пигментации: 1) полностью светлые брюшные щиты или с едва уловимой, размытой пигментацией, 2) полностью темные пластроны, 3) четко выраженные темные пятна или полосы неправильной формы. Наиболее распространенный 3-й тип представлен несколькими вариациями: а) „темнопятнистая вариация" - на светлом фоне темные пятна неправильной формы, б) „аральская вариация" - на темном фоне светлые пятна, округлые или слегка вытянутые (характерна для особой формы, описанной Никольским (1889) с берегов Аральского моря, но встречающейся и в других местах), в) „точечная вариация" - на темном фоне светлые точечные пятна, г) „полосатая вариация" - на светлом фоне темные полосы,
д) ясетеобразная вариация" - на светлом фоне темные, широкие прерывистые полосы, образующие подобие сети, е) «веерная вариация" - на темном фоне радиально (явеерно”) расположенные широкие и короткие светлые полосы.
В ювенильной окраске карапакса после преобразования эмбриональных щитков четкое "веерное" расположение светлых точек и штрихов заменяется на их беспорядочное расположение. Окраска карапакса меняется с возрастом, но не слишком разнообразна во взрослом состоянии, тогда как окраска пластрона мало изменяется в онтогенезе, но более разнообразна у взрослых. Это, вероятно, связано с меньшим, чем у карапакса, маскировочным значением окраски брюшного щита в наземных условиях. В то же время нередко весьма контрастная окраска пластрона во время нахождения черепахи в воде может иметь сигнальную функцию.
У обеих исследованных дагестанских, а также у азербайджанской популяций преобладают типы светлых окрасок пластрона, а у представителей калмыцкой популяции отмечено наибольшее количество темных пластронов 2-го типа пигментации.
